La gouvernance du Fonds pour l'Insertion des Personnes Handicapées dans la Fonction Publique (FIPHFP) est assurée à l'échelon national par un comité national, organe représentant les employeurs, le personnel et les associations intervenant dans le domaine du handicap qui définit les objectifs quant à l'emploi des ressources collectées. Il dispose également de 26 relais régionaux : les comités locaux.
Le 2 juin 2006, Martine Faucher, déléguée ministérielle aux personnes handicapées au Ministère de la Justice, a été élue Présidente du comité national. Au-delà de l'insertion et du maintien dans l'emploi des personnes handicapées au sein des fonctions publiques, elle s'est fixé comme objectif dans le cadre de ce mandat : former et informer pour faire changer le regard sur le handicap.